Han günümüze ulaşamamıştır. Çoban Mustafa Paşa tarafından 1524 yılında yaptırılmıştır. Mustafa Paşa Kanunî vezirlerindendir. Mustafa Paşa Hanı olarak da bilinir. Eski Camii’nin güneybatısında, Bedesten’in ön tarafında bulunuyordu. Eski Cami, Bedesten ve Rüstem Paşa Kervansarayı üçgenin ortasındaydı. Hanın, güney-kuzey yönlü iki büyük kapısı vardı. Bu nedenle halk arasında İki Kapılı Han adıyla meşhur olmuştur. Şadırvanlı bir avlu etrafında iki katlı ve kâgir olarak inşa edilmişti .
Vakıf eseri olan han, Gebze’deki merhum Gazi Mustafa Paşa’nın Cami-i Şerifi ve İmaret-i Amiresi Vakfı müsakkafatındandır (vakfa gelir sağlayan ev, dükkân gibi üstü kapalı yapılar için kullanılan bir terim). 1790’larda toplam kira geliri yıllık 62.820 akçeydi. Farklı nedenlerle şer’iyye sicillerinde (Osmanlı Devleti’nde kaza kadılarının tuttukları resmi kayıtlar, her türlü davalarda verdikleri kararları ve merkezden gelen emirleri kaydettirdikleri mahkeme kayıtlarıdır) adları geçmektedir.
Handa konaklayanların genel profiline bakıldığında daha çok gayrimüslim tüccar ve sarrafların kaldığı, bunun yanı sıra Müslüman tüccarlar ile kamu hizmeti gören kişiler tarafından da han odalarının kiralandığı görülmektedir. Nisan 1800’de handa çıkan yangın nedeniyle kubbelerin üzerindeki kurşunlar eriyerek tahrip olmuştur.
İki Kapılı Han, 1934 yılında harap haldeyken belediye tarafından yıktırılmıştır. Aynı isimle anılan çok daha küçük bir han ise Bat Pazarı’nda (Kullanılmış veya arızalı eşyaların satıldığı yerlerdir. Zamanla halk arasında “bit pazarı” denmektedir.) bulunmakta ve en geç 19. yüzyılın sonlarında binası ortadan kalkmıştır.
