İnşası Mimar Sinan tarafından istendiği, 17 Mart 1573 tarihli arşiv belgesinden anlaşılmaktadır. Yemiş Kapanı Hanı’nın yapılması Sultan II. Selim tarafından da uygun görülmüştür. Başka bir arşiv belgesinden anlaşıldığına göre de 19 Ekim 1588 tarihinde, Hassabaşı Mimarı Davud Ağa ile Mimar Hüseyin Çavuş tarafından yapımına başlanmıştır.
Mimar Sinan’ın, Selimiye Camisi’nin kubbe inşaatı sırasında yaptığı yazışma sonucu İstanbul’dan gelen bir hükümde şöyle denmektedir:
“Hassa Mimarbaşı Sinan Ağa’ya hüküm ki: Mektup gönderip Edirne şehrinde yapılmakta olan caminin(Selimiye) şu sırada kubbeye geldiğini, haremde şadırvan etrafı ve dört yanda olan kapıların girişleri ile merdiven sahanları ve sofaların döşemelerinin küfeki olmasının uygun olduğunu bildirmişsin. Ayrıca yüce caminin çevresinin donatılması için, yakında olan boş arazide yepyeni bir meyve kapanı yapılmasını bu işten anlayan kimselerin uygun gördüklerini ve Eski Saray yanında bulunup boyu yüz altmış arşın, eni otuz arşın olan boş arazide de on ev yapılmasının uygun olacağını arzetmişsin. Öylece yaptırıp tamama eriştiresin. Ama sakın boşa harcama ihtimali olmasın. Ve kapan işi için alınması gerekli evleri, bedelleriyle mîrîden alıp, uygun gördüğün gibi yaptırasın. 13 Zilkâde 980”
17 Mart 1573 tarihli bu belgeden, inşasının Mimar Sinan tarafından istendiği; II. Selim tarafından arazide bulunan evlerin de kamulaştırılarak hanın yapılmasının uygun görüldüğü anlaşılmaktadır.
Halk meyve ve sebze ihtiyacını Yemiş Kapanı Hanı’nından karşılıyordu.
30 Temmuz 1752 depreminde harap olmuş ve 1937 yılında yıkılmıştır. Yıkılan Yemiş Kapanı Hanı’nın yeri 1967 yılında park haline getirilmiştir. Eski Eserler ve Anıtlar Yüksek Kurulu tarafından 1976’da tescil edildikten sonra nihayet 2014 – 2016 yılları arasında bu alanda kazılar yapılmıştır, Kazılarda hanın yıkılmadan önceki özgün durumuyla ilgili önemli bulgular elde edilmiştir.