Kanuni Sultan Süleyman’ın ve Sultan II. Selim’in Defterdar’ı olan Mustafa Paşa tarafından Mimar Sinan’a yaptırılmıştır. Yapı, genişçe bir avlu içindedir.
Kaynaklarda, Defterdar CAMİİ, Defterdar Mustafa Çelebi CAMİİ, Defterdar Kara Mustafa Paşa CAMİİ adlarıyla da anılmaktadır.
Evliya Çelebi, harim(cami) kubbesinin görkemli; minaresinin ise, bu kubbeye göre orantılı inşa edildiğini söylemektedir.
Caminin kubbesinin 1752 depreminde göçtüğünü; 1870’li yıllarda, Hacı Ruşen Efendi tarafından yaptırılan onarımda, harimin, ahşap bir çatıyla örtüldüğünü belirtmektedirler. Vakıflar Genel Müdürlüğünün 1953 ve 1962 yıllarında yaptırdığı onarımlarda, kubbe, son cemaat yeri, taçkapı ve pencereler, aslına uygun olarak yenilenmiştir.
